U skladnu sa spoljnotrgovinskim propisima roba koja se izvozi, uvozi, tranzitira ili se nalazi u nekom carinskom postupku, podleže ispunjenju fitosanitarnih propisa. Uslovi pod kojima se vrši fitosanitarna kontra ne mogu da imaju za posledicu dodatno ograničenje izvoza, uvoza ili tranzita.
Fitosanitarnoj kontroli na graničnim prelazima podležu pošiljke bilja, biljnih proizvoda i propisani objekti, sredstva za ishranu bilja i sredstva za zaštitu bilja u skladu sa Zakonom o zdravlju bilja, Zakonom o sredstvima za ishranu bilja i oplemenjivačima zemljišta i zakonom o sredstvima za zaštitu bilja.
Liste štetnih organizama, bilja, biljnih proizvoda i proipisanih objekata su date u Pravilniku o Listama štetnih organizama i Listama bilja, biljnih proizvoda i propisanih objekata.
U skladu sa zakonima fitosanitarna inspekcija vrši kontrolu ispravnosti hrane biljnog porekla i meštovite hrane – zajedno sa graničnom veterinarskom inspekcijom, pri uvozu, izvozu i tranzitu robe.
Seme, rasad i sadni materijal takođe podležu fitosanitarnom pregledu na granici i moraju biti praćeni odgovaraućim dokumentima, u skladu sa Zakonom o semenu i sadnom materijalu.
Izvoz, uvoz i tranzit pošiljki bilja, biljnih proizvoda i propisanih objekata može se vršiti samo preko određenih graničnih prelaza.
Fitosanitarna kontrola prilikom uvoza
Fitosanitarna kontrola robe se vrši na graničnom prelazu ulaska robe u zemlju. Pošiljke podležu fitosanitarnom pregledu nakon podnošenja odgovarajućih zahteva, odnosno prijave o prispeću pošiljke.
Ako pošiljka bilja, sredstava za zaštitu ili ishranu bilja pristigne na granični prelaz na kome nije orgnaizovana inspekcija organ carinske službe zabraniće uvoz takve pošiljke, odnosno narediće da se vrati pošiljaocu ili uputi na najbliži granični prelaz na kome je orgnaizovana fitosanitarna inspekcija.
Organi carinske službe ne mogu cairiniti pošiljke koje podležu fitosanitarnoj kontroli dok nadležni fitosanitarni inspektor ne izvrši pregled i ne izda odgovarajuće rešenje ili izvrši overu carinske dokumentacije.
Pošiljke bilja i biljnih proizvoda koji se nalaze na listi Vb deo 1 Pravilnika o listama štetnih organizama i listama bilja, biljnih proizvoda i propisanih objekata, mogu se uvoziti ako ih prati firosanitarni sertifikat izdat od ovlašćenog organa zemlje izvoznice u skladu sa Međunarodnim standardom ISPM 12.
Pošiljke semena i sadnog materijala moraju da se nalaze u Registru priznatih sorti u Republici Srbiji.
Pošiljke sredstava za zaštitu i ishranu bilja, prilikom uvoza mora da prati bazni sertifikat proizvođača i moraju biti upisane u odgovarajući registar u Republici Srbiji. Ovakve pošiljke ne mogu se ocariniti do završetka procedure kontrole i dobijanja odobrenja od strane fitosanitarnog inspektora.
Fitosanitarna kontrola prilikom izvoza
Ako država uvoznica zahteva fitosertifikat za pošiljke bilja, biljnih proizvoda i propisanih objekata koje se izvoze, fitosanitarni inspektor vrši pregled pošiljke radi izdavanja fitosertifikata.
Zahtev za izdavanje fitosertifikata izvoznik je dužan da podnese Ministarstvu poljoprivrede, trgovine, đumarstva i vodoprivrede najmanje 24 sata pre utovara.
Fitosanitarna kontrola prilikom tranzita
Pošiljke bilja, biljnih proizvoda i propisanih objekata koje su u tranzitu ne podležu fitosanitarnom pregledu, osim ako nisu pakovane tako da se sprečava širenje štetnih orgnaizama, ako se istovaraju, dele, kombinuju sa drugim pošiljkama ili prepakuju na teritoriji Srbije.
U tom slučaju, carinski organ je dužan da prijavi pošijku za pregled nadležnom fitosanitarnom inspektoru.